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管理科学与工程学院是南京财经大学具有学科综合优势的特色学院之一，现有管理科学和工业工程两个本科专业，目前教师20余人，学生规模达500余人。承建有省级特色研究院“江苏省质量安全工程研究院”，设有“系统评价与设计研究中心”等科学研究平台，初步建成了融仿真和网络于一体的具有国内领先水平的省部共建“质量工程实验室”和“工业工程实验室”。
学院始终坚持“以人为本、质量立院”的方针，以“学经问纬、力行践知”为院训，加强学科、专业建设和师资队伍建设，大力改善办学条件，建章立制、科学管理，努力提高教育教学和人才培养质量，在学科建设、人才培养、科学研究等各方面都有了很大发展。
2010年以本院师资力量为主体申报的管理科学与工程一级学科硕士学位授予权已获批准；在人才培养方面，学院注重课程体系与实验体系的融合，毕业生质量稳定提高，就业市场广阔、渠道通畅；本院的科学研究注重理论联系实际，特别是在交通、电力、烟草、钢铁等行业的管理评价方面取得了相当量的研究成果。
助学专业：商务管理
培养目标：本专业旨在培养和造就适应社会主义市场经济建设需要，具有良好的政治素质和道德修养，掌握管理学、经济学的基本原理和现代商务管理流程的基本知识，了解商务经营管理环境，熟悉国外及我国的商务管理的有关方针、政策和法规以及国际商务管理的规则和惯例。通过本专业学习使学生熟练掌握现代企业管理的方法和技巧，具备熟练操作计算机、运用多种办公软件的能力，具有较强的分析和解决现代商务经营管理问题的基本能力，并在行政、管理或商业方面达到中级管理者水平的高层次、国际化的复合型人才。
高中起点本科（四年制）
主要课程设置：
专科段：毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论、政治经济学（财经类）、 大学语文、商务英语（BEC）、企业组织与环境、商务交流、数量方法、经济学、会计学、管理信息技术、财务管理、商法、市场营销（二）、人力资源管理（二）、国际贸易实务（二）
本科段：马克思主义基本原理概论、中国近现代史纲要、英语（二）、管理系统中计算机应用（含实践）、企业管理咨询、市场营销策划、电子商务概论（含实践）、政府政策与经济学、组织行为学（二）、商业伦理导论、战略管理教程、国际商务管理学、国际市场营销学（二）、风险管理
符合学士学位条件者授予管理学学士学位。
专科起点本科（二年制）
主要课程设置：马克思主义基本原理概论、中国近现代史纲要、英语（二）、管理系统中计算机应用（含实践）、企业管理咨询、市场营销策划、电子商务概论（含实践）、政府政策与经济学、组织行为学（二）、商业伦理导论、战略管理教程、国际商务管理学、国际市场营销学（二）、风险管理
符合学士学位条件者授予管理学学士学位。
就业方向：毕业后学生可选择在跨国公司从事经营决策、市场调查、市场开拓、商务谈判、销售、公关等方面的工作，也可选择在国内的外贸公司、工贸公司、商贸公司、科贸公司从事货物进出口、技术引进、商务咨询等各类商务管理活动，也可选择在政府管理部门从事商务规划等工作。还可进一步攻读国内外的硕士研究生。